法務部長邱太三在答覆立委書面質詢時，曾做出「不宜設特偵組」的主張，並建請立法院修法，刪除《法院組織法》第63條之1法源，廢除特偵組。這是新政府上台後，首度對特偵組的存廢公開表態。而根據媒體報導，法務部